Pourquoi le projet pilote POPGEN ?
Le développement de la médecine génomique est possible grâce aux technologies de plus en plus innovantes et rapides qui permettent de lire une partie ou l’ensemble de notre génome.
Entre deux individus, environ 3 millions de différences sont observées lors du séquençage de leur génome. Ces variations observées entre les individus sont responsables des différences de couleur de cheveux ou des yeux, par exemple, et dans certains cas, elles peuvent être impliquées, directement ou en tant que facteurs de risque, dans la survenue de pathologies.
Dans le cadre de la prise en charge d’un patient, l’objectif du séquençage est de repérer les variations génétiques qui pourraient expliquer sa maladie. Pour identifier les régions du génome du patient où il existe des variations, son génome est comparé à un génome humain de référence.
Une grande majorité de ces variations sont des variations sans effet sur la maladie, qu’on pourra éliminer d’emblée de l’analyse. Ce sont des variations dites neutres. Pour faire le tri entre ces variations, plutôt fréquentes, et les variations potentiellement impliquées dans la maladie, plus rares, le principe est très simple : il suffit de regarder la fréquence de la variation dans la population générale. Pour ce faire, il existe déjà de grandes bases de données internationales mais elles ne sont pas assez précises sur l’origine géographique des personnes. Il faut donc disposer d’une base de données répertoriant ces variations et leurs fréquences sur le territoire français.
Un premier travail de ce type a déjà été réalisé dans quelques régions françaises et a confirmé le besoin d’avoir des données de référence provenant de notre population pour que les recherches soient les plus précises possible. Ce panel ne couvrant qu’une petite partie du territoire, il était impératif pour les futurs protocoles de soins d’avoir une base de données couvrant le mieux possible le territoire français. C’est là l’objectif principal de la recherche sur la « Diversité génomique de la population française », POPGEN : constituer cette base de référence nationale.
Comment ça se passe ?
Cette base de données sur les variations génétiques et leurs fréquences sera constituée à partir des données de séquençage du génome entier de volontaires de la cohorte CONSTANCES.
Les volontaires de la cohorte CONSTANCES ont été interrogés en 2019 sur l’année et le lieu de naissance de leurs ascendants, c’est-à-dire leurs parents et grands-parents.
Une sélection de 15 000 volontaires a été réalisée selon la zone géographique d’origine de leurs ascendants (parents ou grands-parents), de manière à couvrir tout le territoire en respectant la démographie française métropolitaine.
Une fois que ces volontaires auront consenti à la recherche, leur ADN sera extrait de leur salive par le Centre Ressource Biologique (CRB) de la Fondation Jean Dausset – Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH). L’analyse se fera d’abord sur un ensemble de variations déjà connues, par génotypage, puis sur tout le génome, par séquençage, au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH).
Pour plus d’informations : POPGEN
OÙ EN EST-ON ?
Les ADN salivaires exploitables des volontaires de la cohorte Constances ont été génotypés au Centre National de Recherche en Génétique Humaine (CNRGH). Ces données sont en cours d’analyses par l’équipe de l’Emmanuelle Génin, à Brest.
Les inclusions dans la recherche POPGEN se sont terminées en février 2022 et 10 250 volontaires de la cohorte Constances ont renvoyé leur formulaire de consentement à la Fondation Jean Dausset – Centre d’Etude du Polymorphisme Humain (CEPH).
Début de la période de recrutement dans la recherche POPGEN. Envoi des courriers d’inclusion contenant notamment un kit salivaire au domicile des 15000 volontaires Constances sélectionnés.
Les autorisations réglementaires de la Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés (CNIL) et l’avis favorable du Comité de Protection des Personnes (CPP) sont obtenus.
Le Conseil scientifique (CS) et le Comité de Pilotage de la cohorte Constances ont également émis un avis favorable pour la réalisation du projet POPGEN.
Réalisation d’une étude pré-pilote visant à évaluer la qualité des séquences obtenues à partir d’échantillons salivaires par rapport aux données provenant de prélèvements sanguins, chez les mêmes individus. Recherche menée avec l’appui de la cohorte Gazel.
Un article scientifique a été publié à ce propos :
Anthony F. Herzig, Lourdes Velo-Suárez, Gaëlle Le Folgoc, Anne Boland, Hélène Blanché, Robert Olaso, Liana Le Roux, Christelle Delmas, Marcel Goldberg, Marie Zins, Franck Lethimonnier, Jean-François Deleuze, Emmanuelle Génin ; Genetic Epidemiology ; 2021